Artenschutz
Unabhängig von Schutzgebieten sind Pflanzen und Tiere gemäß der Vogelschutzrichtlinie und der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie in den letzten Jahren verstärkt in das Blickfeld des Naturschutzes geraten. Aufgrund der zunehmenden Bedrohung für geschützte Lebewesen sind spezielle Vorgehensweisen beim Auftreten dieser Tiere wie z.B. Amphibien, Fledermäuse, Reptilien oder Vögel und Eingriffe in deren Habitate notwendig. Dazu zählen vor allem Abbruch- oder Umbauarbeiten in alten Gebäuden, Eingriffe in Bracheflächen, Entfernung von Hecken oder morschen Bäumen während der Vogelbrutzeit. Negative Auswirkungen für Vögel stellen auch der Anprall an Glasscheiben, sowie nächtliche Beleuchtungen für den Naturhaushalt generell dar.
Biotope
Neben ausgewiesenen Schutzgebieten stehen auf Basis von Kartierungen des Landes Salzburg Biotope unter Naturschutz. Dabei handelt es sich in der Stadt Salzburg vor allem um Gewässer mit deren Uferbereichen sowie wertvolle Wiesenflächen und Heckenzüge. Eingriffe in diese Bereiche, die über die Instanthaltung, Wartung und ordnungsgemäße land- oder forstwirtschaftliche Nutzung hinausgehen, benötigen eine naturschutzrechtliche Bewilligung.
Lebensraumschutz
In der Stadt Salzburg gibt es unterschiedlich ausgewiesene Gebiete, die unter Lebensraumschutz nach dem Salzburger Naturschutzgesetz 1999 stehen. Dabei handelt es sich um acht großflächige Landschaftsschutzgebiete, 37 Geschützte Landschaftsteile, 36 Naturdenkmäler und mit dem Hammerauer-Moor ein Naturschutzgebiet, womit etwa ein Viertel des Stadtgebietes unter Schutz steht.
Schutzgebiete
Ökoprogramm
Vom Gemeinderat der Stadt Salzburg wurde das Ökoproramm „Artenschutz-Biotopschutz-Ressourcenschutz“ beschlossen, welches klare Vorgaben für den zivilrechtlichen Naturschutz definiert. Im Rahmen dieses Programmes werden ökologisch wichtige Lebensräume gepflegt und langfristig vertraglich gesichert. Das Programm ist ausschließlich Bewirtschaftern ohne landwirtschaftlichem Betrieb vorbehalten.